Eu faço assim no shell (linha de comando):
sudo vim /etc/mysql/my.cnf
ou sudo gedit /etc/mysql/my.cnf
Localize a linha que contém
[mysqld] bind-address=YOUR-SERVER-IP
Troque YOUR-SERVER-IP pelo IP de internet da máquina servidora. Então se seu IP é 154.200.201.184, vai ficar assim:
bind-address=154.200.201.184
Outra coisa. No mesmo arquivo se skip-networking não estiver comentado o mysql não vai aceitar conexão tcp/ip.
Ficando assim:
#skip-networking
É só salvar o arquivo e reiniciar o mysql.